Ruang utama masjid tempat untuk melaksanakan ibadah shalat Rawatib dan shalat Jumat, juga dimanfaatkan untuk kegiatan pengajian. Pengajian yang terjadwal, setiap bulan di sesuaikan dengan perubahan yang ada. Selain itu juga ada pengajian dengan mengundang penceramah dari luar Batam, dari Jakarta misalnya.
Sementara itu, masih ada juga ruang serbaguna dengan luas sekitar 80 meter persegi, dapat memuat 60 kursi, dapat digunakan untuk berbagai acara bagi warga, komunitas, lembaga pemerintah dan swasta yang memerlukan. Acara pelatihan, jamuan makan dan lainnya kerap diadakan disini.
Tentu saja ada tarif yang telah dibuat oleh pengelola, guna pemeliharaan dan pengembangan kegiatan Masjid Jabal Arafah. Untuk mengetahui tentang pemanfaatan ruang serta paket yang mungkin diperlukan, dapat diunduh
