Ibadah yang khusyu’, tak terlepas dari lingkungan yang nyaman. Mulai dari datang ke MJA, jamaah disambut dengan petugas parkir kendaraan sepeda motor maupun mobil, yang akan mengarahkan ke tempat parkir yang tersedia.
Karena lokasi MJA awalnya merupakan lereng Bukit Nagoya, maka perencanaannya menyesuaikan dengan lokasi yang ada, dan ini merupakan suatu keuntungan tersendiri, karena dapat dirancang sedemikian rupa sehingga multifungsi sekaligus memberikan nilai estetika yang unik.
Adalah teras atau level pertama, merupakan area parkir sebagian sepeda motor -berhadapan dengan kantor pengelola MJA dan kantor Remaja Masjid, disebelaah tangga ada Arafah Mini Mart, yang menyediakan penjualan aneka minuman dan makanan ringan. Di level ini juga tersedia beberapa tenda mitra usaha yang menyediakan aneka keperluan seperti pakaian, souvenir, obat-obat herbal, parfum dan lainnya.
Di level berikutnya, tersedia tempat penitipan sepatu, sandal dan tas bawaan jamaah/ pengunjung. di sini juga ada Cafe Arafah -yang menyediakan aneka jus dan minuman, aneka makanan seperti nasi goreng, mie goreng, bakso, mie ayam, kentang goreng dan masih banyak menu lainnya.
Sejak 19/3/2014 telah beroperasi Menara Pandang Arafah, dengan ketinggian menara 36 meter. Dari ketinggian ini pengunjung dapat melihat sekeliling, sebagian pusat keramaian Batam dengan kaki langit gedung tinggi Singapura (apabila cuaca cerah).
Terdapat dua kolam ikan di depan Cafe dan disamping tempat penitipan sepatu, yang airnya selalu terjaga bersih, dengan beberapa jenis ikan hias; Koi dan ikan mas yang bahkan besarnya sekarang asudah ada yang mencapai lebih dari satu kilogram.
Di setiap level dan di sepanjang kiri-kanan jalan dinaungi pohon pelindung dan berbagai jenis tanaman hias, serta penerangan lampu yang temaram menyala sejak sore hingga selepas waktu shalat Subuh.
Berbagai jenis tanaman yang ada juga diberi label nama, sehingga dapat menjadi pembelajaran bagi kanak-kanak khususnya, dalam mengenali berbagai tumbuhan. Sebut saja ada pohon palem dan pohon kurma, pohon ‘pucuk cinta’, tanaman perdu ‘Magnolia’ yang aroma bunganya disegani nyamuk, dan banyak lagi jenis-jenis tanaman penghias dan pelindung. Semua itu terawat dan tak terlepas dari dukungan kebun pembibitan yang dimiliki. (Vitka Nursery, Batam Centre).
Setiap hari, apalagi di akhir pekan, pagi sampai malam hari, MJA ramai dikunjungi keluarga, yang bersantai di’tengah kota’, dengan nuansa yang ‘berbeda’. Petugas kebersihan -sejak pagi hingga malam hari, bergantian melaksanakan tugasnya dengan peralatan yang lengkap. Selain sapu dan bak sampah, juga blower yang dapat cepat membersihkan daun kering dan semua sampah yang ada.
Bagaimana pula dengan tempat wudhu dan toilet? Dirancang sedemikian rupa, sehingga berapa banyak pun jamaah yang menggunakan, lantai tetap terjaga kering dan bersih, dan tak ada ‘aroma kurang sedap’ dari tempat wudhu dan toilet.
“Kebersihan itu sebagian dari iman”.